18 Tests estadísticos sencillos

Esta página muestra cómo realizar tests estadísticos sencillos utilizando R base, rstatix y gtsummary.

Prueba o Test T de Student
Prueba o Test de Shapiro-Wilk
Prueba o Test de suma de rangos de Wilcoxon
Prueba o Test de Kruskal-Wallis
Prueba o Test de Chi-cuadrado
Correlaciones entre variables numéricas

…Se pueden realizar otras muchas pruebas. Solo mostraremos éstas, las más comunes y enlazaremos con más documentación.

Cada uno de los paquetes mencionados tienen unos usos específicos:

Utiliza las funciones de R base para imprimir una salida estadística en la consola de R
Utiliza las funciones rstatix para devolver los resultados en un dataframe, o si deseas que las pruebas se ejecuten por grupos
Utiliza gtsummary si tienes interés en rápidamente tablas listas para su publicación

18.1 Preparación

Cargar paquetes

Este trozo de código muestra la carga de los paquetes necesarios para los análisis. En este manual destacamos la función p_load() de pacman, que instala el paquete si es necesario y lo carga para su uso. También puedes cargar los paquetes ya instalados con el comando library() de R base Consulta la página sobre fundamentos de R para obtener más información sobre los paquetes de R.

pacman::p_load(
  rio,          # Importación de ficheros
  here,         # localizador de ficheros
  skimr,        # obtener una visión general de los datos
  tidyverse,    # gestión de datos + gráficos ggplot2, 
  gtsummary,    # resumen estadístico y pruebas
  rstatix,      # estadísticas
  corrr,        # análisis de correlación para variables numéricas
  janitor,      # añadir totales y porcentajes a las tablas
  flextable     # conversión de tablas a HTML
  )

Importar datos

Importaremos los datos de casos de una epidemia de ébola simulada. Si quieres seguir el proceso, clica para descargar linelist “limpio” (archivo linelist_cleaned.rds). Importa tus datos con la función import() del paquete rio (acepta muchos tipos de archivos como .xlsx, .rds, .csv - Mira la página de importación y exportación para más detalles).

# importar linelist
linelist <- import("linelist_cleaned.rds")

A continuación se muestran las primeras 50 filas del listado.

18.2 R base

Puedes utilizar las funciones de ** R base** para realizar pruebas estadísticas. Los comandos son relativamente sencillos y los resultados se imprimen en la consola de R para su visualización. Sin embargo, las salidas suelen ser listas y, por lo tanto, son más difíciles de manipular en el caso que se desee utilizar los resultados en operaciones posteriores.

Tests-T

Un test-t, también llamado “Test t de Student” o “Prueba t de Student”, se utiliza normalmente para determinar si existe una diferencia significativa entre las medias de alguna variable numérica entre dos grupos. Aquí mostraremos la sintaxis para hacer esta prueba dependiendo de si las columnas se encuentran o no en el mismo dataframe.

Sintaxis 1: Esta es la sintaxis cuando las columnas numéricas y categóricas están en el mismo dataframe. Sitúa la columna numérica en el lado izquierdo de la ecuación y la columna categórica en el lado derecho. Especifica los datos en data =. Opcionalmente, establece paired = TRUE, conf.level = (0.95 por defecto), y alternative = (ya sea “two.sided”, “less”, o “greater”). Escribe ?t.test para obtener más detalles.

## comparar la edad media por grupo de resultados con un test-t
t.test(age_years ~ gender, data = linelist)


    Welch Two Sample t-test

data:  age_years by gender
t = -21.344, df = 4902.3, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true difference in means between group f and group m is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 -7.571920 -6.297975
sample estimates:
mean in group f mean in group m 
       12.60207        19.53701

Sintaxis 2: Puedes comparar dos vectores numéricos separados utilizando esta sintaxis alternativa. Por ejemplo, si las dos columnas están en dataframes diferentes.

t.test(df1$age_years, df2$age_years)

También se puede utilizar una prueba t de Student para determinar si la media de una muestra es significativamente diferente de algún valor específico. Aquí realizamos una prueba t de una muestra con la media poblacional conocida/hipotética como mu =:

t.test(linelist$age_years, mu = 45)

Prueba de Shapiro-Wilk

El test de Shapiro-Wilk puede utilizarse para determinar si una muestra procede de una población distribuida normalmente (un supuesto en muchas otras pruebas y análisis, como la prueba t). Sin embargo, sólo puede utilizarse en una muestra de entre 3 y 5000 observaciones. Para muestras más grandes puede ser útil un gráfico de cuantiles.

shapiro.test(linelist$age_years)

Test de suma de rangos de Wilcoxon

El test de suma de rangos de Wilcoxon, también llamada test U de Mann-Whitney, se utiliza a menudo para ayudar a determinar si dos muestras numéricas proceden de la misma distribución cuando tus poblaciones no se distribuyen normalmente o tienen una varianza desigual.

## comparar la distribución de edad por grupo de resultados con un test de wilcox
wilcox.test(age_years ~ outcome, data = linelist)


    Wilcoxon rank sum test with continuity correction

data:  age_years by outcome
W = 2501868, p-value = 0.8308
alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0

Test de Kruskal-Wallis

El test de Kruskal-Wallis es una extensión del test de suma de rangos de Wilcoxon. Puede utilizarse para comprobar las diferencias en la distribución de más de dos muestras. Cuando sólo se utilizan dos muestras, los resultados son idénticos a los del test de suma de rangos de Wilcoxon.

## comparar la distribución de edad por grupo de resultados con un test de kruskal-wallis
kruskal.test(age_years ~ outcome, linelist)


    Kruskal-Wallis rank sum test

data:  age_years by outcome
Kruskal-Wallis chi-squared = 0.045675, df = 1, p-value = 0.8308

Test de Chi-cuadrado

El test de Chi-cuadrado de Pearson se utiliza para comprobar las diferencias significativas entre grupos categóricos.

## comparar las proporciones en cada grupo con un test de chi-cuadrado
chisq.test(linelist$gender, linelist$outcome)


    Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction

data:  linelist$gender and linelist$outcome
X-squared = 0.0011841, df = 1, p-value = 0.9725

18.3 Paquete rstatix

El paquete rstatix ofrece la posibilidad de ejecutar pruebas estadísticas y recuperar los resultados en un formato “amigable”. Los resultados se encuentran automáticamente en un dataframe para que puedan realizar operaciones posteriores con los resultados. También es fácil agrupar los datos que se pasan a las funciones, de modo que las estadísticas se ejecutan para cada grupo.

Estadísticas resumidas

La función get_summary_stats() es una forma rápida de generar estadísticas de resumen. Únicamente tienes que tienes que seleccionar tu dataframe al aplicar esta función así como especificar las columnas que deseas analizar. Si no se especifica ninguna columna, las estadísticas se calculan para todas ellas.

Por defecto, la función devuelve una gama completa de estadísticas de resumen: n, max, min, mediana, cuartil 25%, cuartil 75%, IQR, desviación absoluta mediana (mad), media, desviación estándar, error estándar y un intervalo de confianza de la media.

linelist %>%
  rstatix::get_summary_stats(age, temp)

# A tibble: 2 × 13
  variable     n   min   max median    q1    q3   iqr    mad  mean     sd    se
  <fct>    <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl>
1 age       5802   0    84     13     6    23      17 11.9    16.1 12.6   0.166
2 temp      5739  35.2  40.8   38.8  38.2  39.2     1  0.741  38.6  0.977 0.013
# ℹ 1 more variable: ci <dbl>

Puedes especificar un subconjunto de estadísticas de resumen a calcular proporcionando uno de los siguientes valores a type =: “full”, “common”, “robust”, “five_number”, “mean_sd”, “mean_se”, “mean_ci”, “median_iqr”, “median_mad”, “quantile”, “mean”, “median”, “min”, “max”.

También puede utilizarse con datos agrupados, de forma que se devuelva una fila por cada variable de agrupación:

linelist %>%
  group_by(hospital) %>%
  rstatix::get_summary_stats(age, temp, type = "common")

# A tibble: 12 × 11
   hospital     variable     n   min   max median   iqr  mean     sd    se    ci
   <chr>        <fct>    <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl> <dbl>
 1 Central Hos… age        445   0    58     12    15    15.7 12.5   0.591 1.16 
 2 Central Hos… temp       450  35.2  40.4   38.8   1    38.5  0.964 0.045 0.089
 3 Military Ho… age        884   0    72     14    18    16.1 12.4   0.417 0.818
 4 Military Ho… temp       873  35.3  40.5   38.8   1    38.6  0.952 0.032 0.063
 5 Missing      age       1441   0    76     13    17    16.0 12.9   0.339 0.665
 6 Missing      temp      1431  35.8  40.6   38.9   1    38.6  0.97  0.026 0.05 
 7 Other        age        873   0    69     13    17    16.0 12.5   0.422 0.828
 8 Other        temp       862  35.7  40.8   38.8   1.1  38.5  1.01  0.034 0.067
 9 Port Hospit… age       1739   0    68     14    18    16.3 12.7   0.305 0.598
10 Port Hospit… temp      1713  35.5  40.6   38.8   1.1  38.6  0.981 0.024 0.046
11 St. Mark's … age        420   0    84     12    15    15.7 12.4   0.606 1.19 
12 St. Mark's … temp       410  35.9  40.6   38.8   1.1  38.5  0.983 0.049 0.095

Por último, también se puede utilizar rstatix para realizar las siguientes pruebas estadísticas:

Test-T

Utiliza una sintaxis de fórmula para especificar las columnas numéricas y categóricas:

linelist %>% 
  t_test(age_years ~ gender)

# A tibble: 1 × 10
  .y.   group1 group2    n1    n2 statistic    df        p    p.adj p.adj.signif
* <chr> <chr>  <chr>  <int> <int>     <dbl> <dbl>    <dbl>    <dbl> <chr>       
1 age_… f      m       2807  2803     -21.3 4902. 9.89e-97 9.89e-97 ****

Utiliza ~ 1 y especifica mu = para un test-T de una muestra. Esto también puede hacerse por grupo.

linelist %>% 
  t_test(age_years ~ 1, mu = 30)

# A tibble: 1 × 7
  .y.       group1 group2         n statistic    df     p
* <chr>     <chr>  <chr>      <int>     <dbl> <dbl> <dbl>
1 age_years 1      null model  5802     -84.2  5801     0

Si procede, las pruebas estadísticas pueden realizarse por grupos, como se muestra a continuación:

linelist %>% 
  group_by(gender) %>% 
  t_test(age_years ~ 1, mu = 18)

# A tibble: 3 × 8
  gender .y.       group1 group2         n statistic    df         p
* <chr>  <chr>     <chr>  <chr>      <int>     <dbl> <dbl>     <dbl>
1 f      age_years 1      null model  2807    -29.8   2806 7.52e-170
2 m      age_years 1      null model  2803      5.70  2802 1.34e-  8
3 <NA>   age_years 1      null model   192     -3.80   191 1.96e-  4

Prueba de Shapiro-Wilk

Como ya se ha dicho, el tamaño de la muestra debe estar entre 3 y 5000.

linelist %>% 
  head(500) %>%            # las 500 primeras filas de la lista de casos, sólo como ejemplo
  shapiro_test(age_years)

# A tibble: 1 × 3
  variable  statistic        p
  <chr>         <dbl>    <dbl>
1 age_years     0.917 6.67e-16

Prueba de suma de rangos de Wilcoxon

linelist %>% 
  wilcox_test(age_years ~ gender)

# A tibble: 1 × 9
  .y.       group1 group2    n1    n2 statistic        p    p.adj p.adj.signif
* <chr>     <chr>  <chr>  <int> <int>     <dbl>    <dbl>    <dbl> <chr>       
1 age_years f      m       2807  2803   2829274 3.47e-74 3.47e-74 ****

Prueba de Kruskal-Wallis

También conocida como la prueba U de Mann-Whitney.

linelist %>% 
  kruskal_test(age_years ~ outcome)

# A tibble: 1 × 6
  .y.           n statistic    df     p method        
* <chr>     <int>     <dbl> <int> <dbl> <chr>         
1 age_years  5888    0.0457     1 0.831 Kruskal-Wallis

Prueba de Chi-cuadrado

La función para la prueba de chi-cuadrado funciona con tablas, así que primero creamos una tabulación cruzada. Hay muchas formas de crear una tabulación cruzada (véase Tablas descriptivas), pero aquí utilizamos tabyl() de janitor y eliminamos la columna más a la izquierda de las etiquetas de valores antes de pasarla a chisq_test().

linelist %>% 
  tabyl(gender, outcome) %>% 
  select(-1) %>% 
  chisq_test()

# A tibble: 1 × 6
      n statistic     p    df method          p.signif
* <dbl>     <dbl> <dbl> <int> <chr>           <chr>   
1  5888      3.53 0.473     4 Chi-square test ns

Se pueden ejecutar muchas más funciones y pruebas estadísticas con las funciones de rstatix. Consulta la documentación de rstatix o escribiendo ?rstatix.

18.4 Paquete `gtsummary`

Utilizaa gtsummary si quieres añadir los resultados de una prueba estadística a una tabla estéticamente presentada, creada con este paquete (como se describe en la sección gtsummary del capítulo Tablas descriptivas).

La realización de pruebas estadísticas de comparación con tbl_summary se lleva a cabo añadiendo la función add_p a una tabla y especificando qué prueba utilizar. Es posible obtener p-valores corregidos para múltiples pruebas utilizando la función add_q. Ejecuta ?tbl_summary para obtener más detalles.

Prueba de Chi-cuadrado

Compara las proporciones de una variable categórica en dos grupos. La prueba estadística por defecto de add_p(), cuando se aplica a una variable categórica es realizar una prueba de independencia de chi-cuadrado con corrección de continuidad, pero si algúna celda de valores esperados es inferior a 5, se utiliza una prueba exacta de Fisher.

linelist %>% 
  select(gender, outcome) %>%    # mantiene las variables de interés
  tbl_summary(by = outcome) %>%  # produce la tabla resumen y especifica la variable de agrupación
  add_p()                        # especifica qué test realizar

1323 observations missing `outcome` have been removed. To include these observations, use `forcats::fct_na_value_to_level()` on `outcome` column before passing to `tbl_summary()`.

Characteristic	Death, N = 2,582 ¹	Recover, N = 1,983 ¹	p-value ²
gender			>0.9
f	1,227 (50%)	953 (50%)
m	1,228 (50%)	950 (50%)
Unknown	127	80
¹ n (%)
² Pearson’s Chi-squared test

Tests-T

Compara la diferencia de medias de una variable continua en dos grupos. Por ejemplo, hace la comparación de la media de edad por resultado del paciente.

linelist %>% 
  select(age_years, outcome) %>%             # mantiene las variables de interés
  tbl_summary(                               # produce la tabla resumen
    statistic = age_years ~ "{mean} ({sd})", # especifica qué estadísticas mostrar
    by = outcome) %>%                        # especifica la variable de agrupación
  add_p(age_years ~ "t.test")                # especifica qué prueba realizar

1323 observations missing `outcome` have been removed. To include these observations, use `forcats::fct_na_value_to_level()` on `outcome` column before passing to `tbl_summary()`.

Characteristic	Death, N = 2,582 ¹	Recover, N = 1,983 ¹	p-value ²
age_years	16 (12)	16 (13)	0.6
Unknown	32	28
¹ Mean (SD)
² Welch Two Sample t-test

Test de suma de rangos de Wilcoxon

Compara la distribución de una variable continua en dos grupos. Por defecto se utiliza la prueba de suma de rangos de Wilcoxon y la mediana (IQR) cuando se comparan dos grupos. Sin embargo, para datos no distribuidos normalmente o para comparar varios grupos, la prueba de Kruskal-wallis es más apropiada.

linelist %>% 
  select(age_years, outcome) %>%                       # mantiene las variables de interés
  tbl_summary(                                         # produce la tabla resumen
    statistic = age_years ~ "{median} ({p25}, {p75})", # especifica que estadistica mostrar (esta es por defecto asi que puede quitarse)
    by = outcome) %>%                                  # especifica la variable de agrupación
  add_p(age_years ~ "wilcox.test")                     # especifica qué prueba realizar (por defecto así que se pueden dejar los paréntesis vacíos)

1323 observations missing `outcome` have been removed. To include these observations, use `forcats::fct_na_value_to_level()` on `outcome` column before passing to `tbl_summary()`.

Characteristic	Death, N = 2,582 ¹	Recover, N = 1,983 ¹	p-value ²
age_years	13 (6, 23)	13 (6, 23)	0.8
Unknown	32	28
¹ Median (IQR)
² Wilcoxon rank sum test

Test de Kruskal-Wallis

Se usa para comparar la distribución de una variable continua en dos o más grupos, independientemente de que los datos se distribuyan normalmente.

linelist %>% 
  select(age_years, outcome) %>%                       # mantiene las variables de interés
  tbl_summary(                                         # produce la tabla resumen
    statistic = age_years ~ "{median} ({p25}, {p75})", # especifica que estadistica mostrar (por defecto asi que puede quitarse)
    by = outcome) %>%                                  # especifica la variable de agrupación
  add_p(age_years ~ "kruskal.test")                    # especifica qué test realizar

1323 observations missing `outcome` have been removed. To include these observations, use `forcats::fct_na_value_to_level()` on `outcome` column before passing to `tbl_summary()`.

Characteristic	Death, N = 2,582 ¹	Recover, N = 1,983 ¹	p-value ²
age_years	13 (6, 23)	13 (6, 23)	0.8
Unknown	32	28
¹ Median (IQR)
² Kruskal-Wallis rank sum test

18.5 Correlaciones

La correlación entre variables numéricas puede investigarse con el paquete corrr de tidyverse. Permite calcular las correlaciones mediante los test de Pearson, tau de Kendall o rho de Spearman. El paquete crea una tabla y también tiene una función para representar automáticamente los valores.

correlation_tab <- linelist %>% 
  select(generation, age, ct_blood, days_onset_hosp, wt_kg, ht_cm) %>%   # keep numeric variables of interest
  correlate()      # mantiene las variables numéricas de interés

correlation_tab    # imprimir

# A tibble: 6 × 7
  term            generation      age ct_blood days_onset_hosp    wt_kg    ht_cm
  <chr>                <dbl>    <dbl>    <dbl>           <dbl>    <dbl>    <dbl>
1 generation        NA       -2.22e-2  0.179         -0.288    -0.0302  -0.00942
2 age               -0.0222  NA        0.00849       -0.000635  0.833    0.877  
3 ct_blood           0.179    8.49e-3 NA             -0.600    -0.00636  0.0181 
4 days_onset_hosp   -0.288   -6.35e-4 -0.600         NA         0.0153  -0.00953
5 wt_kg             -0.0302   8.33e-1 -0.00636        0.0153   NA        0.884  
6 ht_cm             -0.00942  8.77e-1  0.0181        -0.00953   0.884   NA

## eliminar entradas duplicadas (la tabla anterior está reflejada) 
correlation_tab <- correlation_tab %>% 
  shave()

## ver la tabla de correlaciones 
correlation_tab

# A tibble: 6 × 7
  term            generation       age ct_blood days_onset_hosp  wt_kg ht_cm
  <chr>                <dbl>     <dbl>    <dbl>           <dbl>  <dbl> <dbl>
1 generation        NA       NA        NA              NA       NA        NA
2 age               -0.0222  NA        NA              NA       NA        NA
3 ct_blood           0.179    0.00849  NA              NA       NA        NA
4 days_onset_hosp   -0.288   -0.000635 -0.600          NA       NA        NA
5 wt_kg             -0.0302   0.833    -0.00636         0.0153  NA        NA
6 ht_cm             -0.00942  0.877     0.0181         -0.00953  0.884    NA

## representar correlaciones 
rplot(correlation_tab)

18.6 Recursos

Gran parte de la información de esta página está adaptada de los siguientes recursos y viñetas en línea:

gtsummary

dplyr

corrr

correlaciones en sthda

18.1 Preparación

Cargar paquetes

Importar datos

18.2 ** R base**

Tests-T

Prueba de Shapiro-Wilk

Test de suma de rangos de Wilcoxon

Test de Kruskal-Wallis

Test de Chi-cuadrado

18.3 Paquete rstatix

Estadísticas resumidas

Test-T

Prueba de Shapiro-Wilk

Prueba de suma de rangos de Wilcoxon

Prueba de Kruskal-Wallis

Prueba de Chi-cuadrado

18.4 Paquete gtsummary

Prueba de Chi-cuadrado

Tests-T

Test de suma de rangos de Wilcoxon

Test de Kruskal-Wallis

18.5 Correlaciones

18.6 Recursos

18.2 R base

18.4 Paquete `gtsummary`